1898 von einem Hamburger Kaufmann und späteren Harburger Senator August Helms gegründet, erhielt das Museum 1925 durch das Vermächtnis der Söhne des Gründers eine repräsentative Villa als Ausstellungsgebäude. 1972 wurde es zum einzigen archäologischen Fachmuseum in Hamburg, welches nun alle einschlägigen Sammlungen der Freien Hansestadt Hamburg beherbergt.